Grammaticale lezing van het overgangsrecht leidt tot de conclusie dat bij toepassing van het overgangsrecht volgens de bovenstaande bepaling de voordelen belast dienen te worden tegen 5% in plaats van 7%. De innovatiebox zoals die luidde op 31 december 2016 stelde immers een effectief tarief van 5%. De wetgever beoogde echter het effectieve tarief per 1 januari 2018 te verhogen naar 7% ongeacht de toepassing van het overgangsrecht. Dit heeft hij op 22 februari 2018 kenbaar gemaakt. Met het aannemen van de Wet spoedreparatie fiscale eenheid is het nu dan ook wettelijk vastgelegd.
Voor de dagelijkse praktijk betekent dit dat bedrijven die al dan niet in combinatie met de nieuwe innovatiebox het overgangsrecht toepassen, hetgeen het merendeel betreft van de Nederlandse bedrijven die de innovatiebox toepassen, het innovatieve resultaat dat kwalificeert voor het overgangsrecht over de eerste twee maanden van 2018 lager belast zien worden (5% in plaats van 7%). Aangeraden wordt dit bij het indienen van de aangifte te controleren. Het is bijvoorbeeld de vraag of dit door aangifteprogramma’s goed wordt meegenomen. Daarnaast vergt dit een eenmalige aanpassing in innovatieboxberekeningen.
Wellicht ten overvloede merken wij op dat wij een voorstander zijn van het tijdsevenredig toerekenen van het innovatieboxvoordeel over de eerste maanden van 2018. Strikt genomen kunnen bedrijven een andere keuze maken indien bijvoorbeeld sprake is van seizoensgebonden omzet en er procentueel meer omzet in de eerste maanden van het jaar wordt genoten. Dit zal in de praktijk echter in uitzonderingssituaties van toepassing zijn en derhalve achten wij het in de regel lastig te onderbouwen om meer winst toe te rekenen aan de periode waarin het lagere tarief van toepassing was.