Als gevolg van deze wetswijzigingen hebben de meeste innovatieboxafspraken die zagen op octrooi-activa voor oudere boekjaren hun geldigheid verloren. Voor deze immateriële activa moet een nieuwe vaststellingsovereenkomst worden afgesloten. Artikel 34d van de Wet Vpb 1969 (hierna artikel 34d) regelt de afbakening tussen de oude innovatiebox (artikel 12b) en de nieuwe regeling (artikel 12ba t/m 12bg). In de praktijk wordt t.a.v. deze activa een zogenoemde 34d vaststellingsovereenkomst (VSO) getekend. Discussies met de Belastingdienst zien dan niet op het toegangsticket, daarvoor geldt immers het nieuwe regime, maar over de uitgroeitermijn van de voordelen. In de praktijk wordt daarbij vaak door de Belastingdienst gesteld dat de uitgroeitermijn identiek dient te zijn aan de ingroeitermijn. Conceptueel hoeft dit echter niet. Het gaat immers om de economische levensduur en de vraag hoe lang een octrooi voordelen blijft genereren. Dit hoeft niet aan te sluiten bij de ingroeiperiode. Met name als de afpelmethodiek is toegepast, hetgeen geldt voor het merendeel van de oude innovatieboxafspraken, kan dit leiden tot lastige discussies.
Voor octrooi-activa is daaropvolgend echter de toepassing van het tweede lid van artikel 34d mogelijk van essentieel belang als na het vervallen van het overgangsrecht van het eerste lid nog voordelen worden genoten uit de desbetreffende octrooi-activa. In de praktijk speelt dit bijvoorbeeld bij bedrijven die onder de oude innovatiebox de per-activum methode toepassen. Voordelen zijn dan eenvoudig te determineren en kunnen gekoppeld worden aan een octrooi of een groep van octrooien. Alsdan is het logisch dat de uitgroei zeer beperkt of mogelijk niet bestaand is. Octrooien kennen immers veelal een lange levensduur. Dergelijke bedrijven kunnen dan alsnog de nieuwe innovatiebox toepassen (op grond van het tweede lid van artikel 34d). Voor deze activa is ook na 1 januari 2017 geen S&O-verklaring vereist voor toepassing van de innovatiebox. Het tweede lid van artikel 34d is immers een uitbreiding van het begrip kwalificerend immaterieel activum van artikel 12ba.
Het is uiteraard wel de vraag of voordelen die voortvloeien uit dergelijke octrooi-activa kunnen worden toegerekend aan de innovatiebox. Bij doorsnee afspraken waar de afpelmethodiek is toegepast geldt in de praktijk dat de uitgroeitermijn gelijk is aan de ingroeiperiode. Vaak is het voor bedrijven lastig om te onderbouwen dat de economische levensduur van octrooi-activa relatief lang is. In de praktijk hebben wij inmiddels goede ervaringen met het toepassen van de per-activum methode (o.b.v. een groep van octrooien of standalone een octrooi) om de (eventueel beperkte) uitgroei van voordelen te onderbouwen. De feiten moeten zich hier echter wel voor lenen. Daarnaast vergt dit een andere insteek in het overleg met de Belastingdienst om te komen tot een artikel 34d afspraak.
